A SDPP teve origem no Serviço de Fazenda de Aeronáutica, criado pelo Dec. Lei nº 3.625, de 17 de setembro de 1941, que tinha por finalidade tratar das atividades financeiras e de pagamento de pessoal no âmbito do Ministério da Aeronáutica recém criado.
O primeiro chefe do Serviço de Fazenda foi o Capitão-de-Mar-e-Guerra Intendente Naval LUIZ BARRETO ALVES FERREIRA, que permaneceu nesse posto até 31 de janeiro de 1942, tendo passado a Coronel Intendente da Aeronáutica em 2 de fevereiro de 1942. Faleceu no exercício do cargo em 25 de fevereiro de 1944.
Os cargos do Serviço de Fazenda da Aeronáutica, enquanto não foi criado o quadro de Intendência da Aeronáutica, foram exercidos por oficiais Intendentes Navais, oficiais Contadores Navais e oficiais Intendentes do Exército que, mediante opção, foram transferidos para o Ministério da Aeronáutica.
Pelo Decreto-Lei nº 7.892, de 23 de agosto de 1945, foi extinto o Serviço de Fazenda, sucedendo-lhe o Serviço de Intendência da Aeronáutica, tendo como Órgão de Direção a Diretoria de Intendência e como uma de seus setores a Divisão de Finanças.
Um novo Regulamento do Serviço de Intendência da Aeronáutica, aprovado em 12 de novembro de 1948 pelo Decreto nº 25.832, criou a Subdiretoria de Finanças no lugar da extinta Divisão de Finanças.
Em 31 de março de 1967, o Decreto nº 60.521 estabeleceu a estrutura básica do M. Aer., desmembrando a Diretoria de Intendência em uma Diretoria de Finanças, subordinada ao Comando Geral de Pessoal, e no Serviço de Intendência, subordinado ao Comando dos Serviços de Apoio Militar do Comando Geral de Apoio.
Este desmembramento foi tornado sem efeito pelo Decreto nº 64.739, de 26 de junho de 1969, que restabeleceu a Diretoria de Intendência e a subordinou ao Comando Geral de Pessoal.
A Subdiretoria de Finanças foi extinta em 26 de fevereiro de 1970 pelo Decreto nº 66.269, que aprovou o novo Regulamento da Diretoria de Intendência e criou, no lugar daquele setor, a Subdiretoria de Orçamentação e Pagamento de Pessoal - SOPP.
O Sistema de Pagamento de Pessoal da Aeronáutica foi instituído pela Portaria nº 1.444/GM3, de 18 de setembro de 1981. A Norma do Sistema - NSMA 177-1 - foi aprovada pela Portaria nº 247/COMGEP, de 19 de abril de 1983, entrando em vigor em 25 maio de 1983.
Em 7 de julho de 1993, através da Portaria nº 567/GM3, foi aprovado um novo Regulamento da Diretoria de Intendência, que estabeleceu a Subdiretoria de Pagamento de Pessoal - SDPP - em substituição à extinta SOPP.
No processo evolutivo de suas estruturas, as atividades de Economia e Finanças vieram a extrapolar a competência da Diretoria de Intendência. A Subdiretoria de Pagamento de Pessoal é o órgão remanescente do Serviço de Fazenda da Aeronáutica. Por esta razão, considera-se o dia 17 de setembro como a data de aniversário da SDPP, embora o dia consagrado à Intendência seja o 23 de agosto.