Criado em 30 de outubro de 1950 pelo Decreto nº28.8085, oriundo do Serviço de Pronto Socorro de Canoas, Unidade que durante muitos anos foi conhecida como o “Pronto Socorro da Base”, única Unidade de Saúde do município, quando atendia igualmente militares e a população da Cidade. Em 1949, a Base se muda para junto do Aeródromo de Gravataí, às margens do rio de mesmo nome, surgindo o HACO no ano seguinte. Extinto o Serviço de Pronto Socorro de Canoas, suas instalações e aparelhagens são integralmente ocupadas pela nova Unidade que continua a ser dirigida pelo Tenente Coronel Médico Dr. Carlos Santos Rocha, agora como seu primeiro diretor, e que exerceria essa função até 12 de abril de 1952. Mesmo transformado em hospital de Zona Aérea, a nova Organização de Saúde, não deixa de atender a população civil do município, inclusive em atendimento domiciliar de urgência. Em 11 de fevereiro de 1960, pelo decreto nº 47.792, o HACO passa a denominar-se (HZAC) Hospital de Zona Aérea de Canoas.
Por portaria de 14 de agosto de 1969, o Hospital de Aeronáutica de Canoas passa à subordinação para todos os fins ao COMZAE CINCO. Comando da Quinta Zona Aérea.
Em Portaria de 23 de maio de 1972, do Exmo. Sr. Ministro da Aeronáutica, o HACO volta a subordinar-se técnica e administrativamente à Diretoria de Saúde da Aeronáutica e disciplinarmente ao Comandante da 5ª Zona Aérea.
Em 13 de fevereiro de 2012, foram inauguradas as novas instalações do HACO, que compreendem bloco cirúrgico, CTI, maternidade, ala de internação e capela.
O HACO, ao longo de sua existência, estimulando o comprometimento profissional e moral do seu efetivo e dispondo de equipamento multidisciplinar atualizado nas mais modernas técnicas, continua primando pela satisfação do usuário e melhoria das performances e dos resultados.
Este é o Hospital de Aeronáutica de Canoas, onde homens e mulheres, empenhados na preservação da saúde e da vida, conscientes de sua missão, integram no sul do País, um referencial de saúde na Aeronáutica.
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