A Base Aérea de Fortaleza, criada pelo Decreto nº. 22.735, de 15 de maio de 1933, com a denominação de 6º. Regimento de Aviação, teve seu Núcleo ativado em 21 de setembro de 1936, quando recebeu seus três primeiros aviões "WACO" F-5, e, como seu primeiro comandante, o então Capitão Aviador José Sampaio de Macedo, cearense da cidade do Crato, falecido em 1992. Em 1939, o Núcleo passou a constituir o 6º. Corpo de Base Aérea.

           A atual denominação de Base Aérea de Fortaleza data de 22 de maio de 1941, quando da organização da Força Aérea Brasileira. Em 1942, durante a Segunda Guerra Mundial, a Base Aérea participou ativamente do patrulhamento do Atlântico Sul, operando com aviões de Caça "CURTISS" P-36, P-40 "TIGRE VOADOR" e com os Bombardeiros A-28A "HUDSON".

           Em 1944, foi criado na Base Aérea de Fortaleza o 4º. Grupo de Bombardeio Médio, equipado, então, com aeronaves B-25J "MITCHELL", tendo formado várias turmas de pilotos de Bombardeio. Essa Unidade Aérea deu origem ao atual 1° Esquadrão do 4° Grupo de Aviação a partir de 29 de julho de 1947, o qual a partir de 1956 passou a constituir Unidade de Caça, recebendo os aviões F-47 "THUNDERBOLT" e depois os jatos F-80 e T-33, com os quais operou até a chegada dos AT-26 "XAVANTE" de fabricação nacional em 1973.

           A partir de 25 de novembro de 1986, a Base Aérea de Fortaleza recebeu mais um Esquadrão, o 5°/1° Grupo de Comunicação e Controle, com a finalidade de operar e manter um sistema de controle de aproximação de precisão no aeródromo de Fortaleza. Seus sensores, de origem italiana, têm a capacidade de proporcionar vetoração segura para uso de aeronaves em situações adversas de meteorologia e operacionais.

           Em 30 de maio de 1992, foi criado e ativado o Destacamento de Proteção ao Voo, Detecção e Telecomunicações N°26 (DTCEA-FZ), tendo por missão operar e manter os equipamentos de proteção ao voo e detecção de telecomunicações pertencentes ao sistema de Defesa Aérea e Controle de Tráfego Aéreo (SISDACTA).

           Em 2001, o 1º/4º GAV foi transferido da Base Aérea de Fortaleza para a Base Aérea de Natal e o 1º/5º GAV foi transferido da Base Aérea de Natal para Base Aérea de Fortaleza, passando a operar as aeronaves C-95 “Bandeirante”, sendo responsável pela formação dos pilotos de Patrulha, Transporte e Reconhecimento da Força Aérea Brasileira.

           A Base Aérea de Fortaleza tem como finalidade apoiar as Unidades que estão sediadas (DTCEA-FZ e PAFZ) . Para isso, dispõe do Grupo de Serviço de Base, Esquadrão de Comando, Esquadrão de Pessoal, Esquadrão de Suprimento e Manutenção e Batalhão de Infantaria da Aeronáutica para prestar o apoio administrativo e de serviços, além da segurança e conservação das instalações e equipamentos, necessários para o cumprimento da missão.

           Através da Portaria nº 1.942/GC3 de 24 de outubro de 2013, o 1º/5º GAV retornou para a Base Aérea de Natal, após doze anos operando em Fortaleza.

          No dia 2 de dezembro de 2015, o Quinto Esquadrão do Primeiro Grupo de Comunicações e Controle (5°/1° GCC - Esquadrão Zagal), foi transferido da Base Aérea de Fortaleza para a Base Aérea de Porto Velho, conforme Portaria Nº 1.670/GC3, DE 4 DE NOVEMBRO DE 2015.

           A Base Aérea de Fortaleza, que comemora em 21 de setembro seu aniversário, é comandada pelo Tenente-Coronel Aviador Lauro Luiz de Freitas Filho.