As Fundações de Apoio são entidades privadas sem fins lucrativos criadas para apoiar administrativamente Instituições Científicas, Tecnológicas e de Inovação (ICT) na realização de projetos de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico e estímulo à inovação, conforme preconizado pelo Decreto 7.423, de 31 de dezembro de 2010 e a Portaria Interministerial 191, de 31 de março de 2012.
Como Instituição Científica, Tecnologica e de Inovação (ICT) do Comando da Aeronáutica o CCA-SJ é apoiado pela Fundação Casimiro Montenegro Filho (FCMF), bem como a Fundação de Ciência, Aplicações e Tecnologia Espaciais (FUNCATE) encontra-se em processo de autorização por ato conjunto dos Ministérios da Educação (MEC) e da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI).
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