O Departamento de Inovação é o setor do IAOp incumbido de coordenar, gerir, fomentar e executar ações próprias da condição de Instituição Científica, Tecnológica e de Inovação (ICT) que possui o Instituto. Nesse sentido, o Departamento é responsável pelo planejamento e condução dos processos relacionados à Gestão da Inovação e Gestão do Conhecimento (GC) do IAOp.