Por Decreto Lei n.º 3.762, de 25 de outubro de 1941, no mesmo ano de criação do Ministério da Aeronáutica - hoje Comando da Aeronáutica (COMAER) -, foram criadas cinco Zonas Aéreas, abrangendo o território nacional e o espaço aéreo correspondente. A 2ª Zona Aérea foi ativada em dezembro daquele mesmo ano e a sua área de jurisdição abrangia oito Estados do Nordeste, do Piauí à Bahia, tendo a sua sede localizada no Recife (PE).
O seu primeiro Comandante foi o Patrono da Força Aérea Brasileira (FAB), Marechal do Ar Eduardo Gomes, que assumiu o cargo ainda como Coronel e foi promovido a Brigadeiro do Ar na capital de Pernambuco. O Decreto inicial foi modificado em 1963, passando o território nacional a ser dividido em seis Zonas Aéreas. A partir desse Decreto, a 2ª Zona Aérea teve estendida a sua jurisdição para nove Estados do Nordeste, com a inclusão do Maranhão e mais o Território de Fernando de Noronha.
Com a reforma administrativa, as Zonas Aéreas adequaram sua missão à coordenação e execução das atividades sistêmicas, em paralelo com o planejamento e ações específicas de Comando de Área, passando a denominar-se pelo Decreto nº 73.151, de 12 de novembro de 1973, Comandos Aéreos Regionais - COMAR, por conseguinte a 2ª Zona Aérea passou a denominar-se Segundo Comando Aéreo Regional. Em 1983, por um novo Decreto, o Estado do Maranhão passou à jurisdição do I COMAR, em Belém (PA).
Em dezembro de 2016, a FAB desencadeou uma série de ações de reestruturação, a Concepção Estratégica “Força Aérea 100”, desativando os Comandos Aéreos. Já em maio de 2020, foi publicada a Diretriz para o Aprimoramento da Reestruturação do COMAER - Projeto Piloto DCA 19-5/2020 -, reativando em 3 de julho de 2020 o II COMAR.
O II COMAR tem como missão “Exercer a referência do Comando da Aeronáutica em sua área de responsabilidade, bem como supervisionar a atuação das OM subordinadas”. Sua área de atuação é constituída atualmente pelos Estados do Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Sergipe e Bahia.
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