O Instituto é uma Organização do Comando da Aeronáutica criada e ativada pela Portaria nº 1825/GC, de 8 de outubro de 2013, inicialmente como Núcleo do Instituto de Aplicações Operacionais (NuIAOp), posteriormente desativada pela Portaria nº 1510/GC3, de 21 de novembro de 2016, e reativada como Instituto de Aplicações Operacionais.
O Instituto tem por finalidade conduzir as atividades de Aplicações Operacionais e gerar conhecimento operacional, visando ao aprimoramento do preparo e emprego da Força Aérea Brasileira.
Esta finalidade é desenvolvida por meio da pesquisa e desenvolvimento em prol da área operacional, bem como do planejamento e condução de Avaliações Operacionais dos equipamentos e sistemas operacionais da FAB e a respectiva atualização da doutrina de emprego.
O IAOp, sediado em São José dos Campos - São Paulo, é subordinado, operacional e administrativamente, ao Comandante de Preparo (COMPREP).
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