O Comandante da Aeronáutica, em 2009, por intermédio do Memorando nº C-1/GC3-GABAER, de 31 de março, alinhado com a Estratégia Nacional de Defesa (END), determinou a execução de ações no sentido de racionalizar a estrutura organizacional, concentrando a execução de parte de atividades das Unidades Administrativas em algumas Unidades Gestoras Executoras (UG CRED), alterando a condição de algumas organizações para a situação de Unidades Gestoras Credoras (UG EXEC), que passaram a ser apoiadas por algumas dessas UG EXEC, na forma de Grupamento de Apoio.
Posteriormente, em 2015, o Comandante da Aeronáutica, por meio do PCA 11-110, determinou que o EMAER coordenasse uma reestruturação organizacional, onde se incluem a concentração das atividades administrativas e a melhoria dos processos, relacionadas com Licitações, Contratos, Convênios e Instrumentos congêneres, Transportes, Finanças, Subsistência, Almoxarifado, Patrimônio Móvel e Imóvel, Telefonia, Pessoal, Protocolo, Tecnologia de Informação dentre outras eventualmente atribuídas, conforme necessidades dos respectivos ODGSA.
Dessa forma, em 21 de dezembro de 2015, junto à criação e ativação dos Núcleos do GAP-AK, do GAP-BE, do GAP-BQ, do GAP-CO, do GAP-CT, do GAP-GL, do GAP-GW, do GAP-LS, do GAP-MN, do GAP-NT, do GAP-RF, do GAP-SJ, do GAP-BV, do GAP-CG, do GAP-FL, do GAP-FZ, do GAP-PV, do GAP-SM, do GAP-SV, do GAP-AN, do GAP-DF e do GAP-YS, o NuGAP-SP foi criado e ativado através da Portaria nº 1920/GC3, de 16 de dezembro de 2015, seu chefe designado pela Portaria nº 93/GC1, de 27 de janeiro de 2016 e atribuída a responsabilidade de coordenar as ações de implantações ao Comandante do IV COMAR por intermédio da Portaria nº 1921/GC3, de 16 de dezembro de 2015.
O Grupamento de Apoio de São Paulo (GAP-SP) foi ativado pela Portaria nº 1.720/GC3, de 29 de dezembro de 2016 e tem por finalidade prover apoio logístico e administrativo às Organizações Militares sediadas no Campo de Marte, Cambuci, Guarulhos e Santos.
O GAP-SP é classificado como Grupamento de Apoio tipo “A”.
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