A primeira Biblioteca do Campo dos Afonsos foi inaugurada no dia 10 de outubro de 1919, na Escola de Aviação Militar (EAVM), destinada aos alunos dos cursos de pilotos e observadores, oficiais da administração, do ensino, chefe de seções e serviços especiais.
Ocupou, desde sua criação, diversas instalações no Campo dos Afonsos. Com a criação da Universidade da Força Aérea em 1983, foi reestruturada para reunir todo o acervo bibliográfico das Escolas subordinadas à UNIFA. Inicialmente, funcionou no prédio E-012, conhecido como prédio cinza, ocupado, atualmente, pela Subdivisão de Serviços Escolares e, em 17 de setembro de 1987, foi transferida para o Pavilhão Van Ness, atual prédio do CENDOC.
Em 1988, foi transferida para o prédio do rancho, antigo refeitório dos Cadetes da Escola de Aeronáutica, totalmente restaurado para abrigar o acervo das Escolas, o que veio completar o projeto de implantação da Biblioteca Central da UNIFA. Em virtude da criação do Curso de Pós-graduação da Unifa, o prédio da Biblioteca passou por uma reforma em 2007, criando novos espaços como: sala de estudo, sala de reunião, sala de processamento técnico e sala de informática, visando atender as exigências da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).
Em 2019, ano do centenário da Instrução Militar na Aviação Brasileira, o Comando da Aeronáutica reinaugurou, no campus da Universidade da Força Aérea (UNIFA), a Biblioteca Central da UNIFA.