A sede do INCAER está instalada no prédio onde funcionou a Estação de Passageiros de Hidroaviões do Aeroporto Santos-Dumont, no seguinte endereço: Praça Marechal Âncora, 15-A, Centro, Rio de Janeiro (ao lado do Clube de Aeronáutica).
O edifício foi construído pelo Governo às margens da Baía de Guanabara e inaugurado pelo Presidente Getúlio Vargas, em 29 de outubro de 1938.
Pela sua importância histórica e paisagística, o prédio foi tombado pela Secretaria do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (SPHAN) - atual Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN), em 29 de janeiro de 1957. Em 1986, passou a ser ocupado pelo Instituto Histórico-Cultural da Aeronáutica, tornando-se a sua sede definitiva.
O INCAER possui uma Biblioteca que reúne cerca de oito mil volumes da literatura aeronáutica brasileira e estrangeira, alguns deles raros, ou pela data de edição ou por estarem esgotados no mercado livreiro. A maioria deles é proveniente de doações de entidades civis e militares, de familiares de militares ou de amantes da Aviação. São frequentes as visitas de pesquisadores e alunos interessados neste acervo de características tão peculiares.
Merece destaque também o Clube do Livro, que visa facilitar a aquisição de obras literárias editadas pelo INCAER ou cedidas em consignação pelos próprios autores, estimulando, desta forma, o hábito da leitura na sociedade.
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